Der Warren-Report kam zu dem Ergebnis, dass Oswald der alleinige Täter war und es keine Verschwörung gegeben habe. Oswald habe drei Schüsse aus dem sechsten Stock der Texas School Book Depository auf die Präsidentenlimousine abgegeben und John F. Kennedy getötet. Außerdem sei er für den Tod des Streifenpolizisten Tippit verantwortlich. Am Morgen des 22. November habe er seine Arbeit um 8:00 Uhr im Schulbuchlager aufgenommen und eine längliche braune Tüte dabeigehabt, in der er angeblich Gardinenstangen transportiert habe. Oswald sei nach dem Attentat unter anderem dadurch aufgefallen, dass er bereits nach drei Minuten den Tatort verlassen habe. Auch habe es keines Meisterschützen bedurft, um innerhalb von 4,8 bis maximal sieben Sekunden drei Schüsse durch eine Baumgruppe hindurch auf ein fahrendes Ziel abzugeben. Der erste Schuss sei fehlgegangen, der zweite habe Kennedys Halswunde und sämtliche Verletzungen des vor ihm sitzenden Connally verursacht, der dritte sei der tödliche Kopftreffer gewesen.

Zur Frage der Motivation Oswald's schreibt die Kommission abschließend:

"Ohne Zweifel spielten zahlreiche Faktoren eine Rolle bei Oswald's Motiven für den Mord, und die Kommission ist nicht der Ansicht, dass sie ihm ein einziges Motiv oder eine einzige Gruppe von Motiven unterstellen kann. Es ist jedoch ganz klar, dass Oswald durch eine sich über alles hinwegsetzende Feindseligkeit gegenüber seiner Umgebung angetrieben wurde. Anscheinend war es ihm nicht möglich, sinnvolle Beziehungen zu anderen Menschen aufzunehmen. Er war ständig mit der Welt um sich herum unzufrieden. Lange vor dem Mord gab er seinen Hass auf die amerikanische Gesellschaft Ausdruck und handelte voll Protest gegen sie. Oswald's Suche nach dem, was er als die vollkommene Gesellschaft ansah, war von Anfang an zum Scheitern verurteilt. Er suchte für sich selbst einen Platz in der Geschichte; eine Rolle als »großer Mann«, von dem man sagen konnte, er sei seiner Zeit voraus gewesen. Sein Bekenntnis zum Marxismus und Kommunismus scheint ebenfalls ein bedeutender Faktor bei seiner Motivierung gewesen zu sein. Auch bewies er die Fähigkeit, entschlossen und ohne Rücksicht auf die Folgen zu handeln, wenn dieses Handeln seine augenblickliche Ziele fördern konnte. Aus diesen und vielen anderen Faktoren, die den Charakter Lee Harvey Oswald's geformt haben mögen, entstand ein Mann, der des Mordes an Präsident Kennedy fähig war."

Der Warren-Report blieb für viele Zeitgenossen unbefriedigend. Vor allem die Geschichte der von Kritikern so genannten "magischen Kugel" (engl.: magic bullet), die zu sieben Verletzungen an Kennedy und Connally geführt haben soll, ohne dabei nennenswert verformt worden zu sein, stieß auf verbreiteten Unglauben. Es wurde auch bald bekannt, dass die Kommission Indizien, die auf mehr als nur einen Täter deuteten, gar nicht näher verfolgt hatte. Johnson, der an eine kubanische Verschwörung gegen Kennedy glaubte, hatte Warren und Dulles angewiesen, lediglich die Alleintäterschaft Oswalds zu belegen. Würde diese Verschwörung publik, könne ein Krieg unvermeidlich werden:

"Wenn gewisse Gerüchte nicht zum Verstummen gebracht werden, könnten sie die Vereinigten Staaten in einen Krieg hineinziehen, der das Leben von vierzig Millionen kosten könnte…"

soll der Präsident zu Warren gesagt haben. Und kurz vor seinem Tod äußerte er gegenüber dem Journalisten Howard K. Smith: "Kennedy versuchte, Castro zu erwischen, aber Castro erwischte ihn zuerst".